Η ιστορία του νησιού είναι άρρηκτα συνδεδεμένη από Αρχαιοτάτων χρόνων με την Ιστορία των Κυκλάδων.
Το νησί κατά τη μυθολογία πρωτοκατοικήθηκε από βοσκούς και το αρχικό του όνομα ήταν Πολύανδρος.
Στη συνέχεια κατά την Ιστορία το νησί αποικήθηκε από Κρητικούς της Μινωικής περιόδου με αρχηγό το γιό του βασιλιά της Κρήτης Μίνωα τον Φολέγανδρο από τον οποίο το νησί πήρε και το όνομα.
Οι Ρωμαίοι αργότερα χρησιμοποιούσαν το νησί σαν τόπο εξορίας .
Την εποχή των Φράγκων το νησί ανήκε στο Δουκάτο του Αιγαίου ενώ αργότερα έμεινε στην κυριαρχία των Ενετών μέχρι τον 16ο αιώνα.
Στη συνέχεια το νησί κατακτήθηκε από τους Τούρκους οι οποίοι και το κράτησαν μέχρι το 1821.
Το νησί δεχόταν συχνά επιδρομές από πειρατές και για αυτό το λόγο οι κάτοικοι διέμεναν στο «Κάστρο» που ουσιαστικά αποτελεί ένα αναπόσπαστο μέρος από τη σημερινή Χώρα.
Σήμερα το νησί είναι ένα τουριστικό θέρετρο όπου ο επισκέπτης μπορεί να ξεκουραστεί απολαμβάνοντας τις ντόπιες σπεσιαλιτέ .
